CONACEF es una corporación integrada por instituciones, no por personas naturales. Por su rol y relevancia profesional, académica o científica, las instituciones asociadas en CONACEF proveen a esta corporación tanto de la autonomía como de la autoridad para obrar de forma idónea como instancia de certificación de especialidades farmacéuticas en Chile. Las instituciones asociadas pueden tener la condición de “socios activos” o de “patrocinadores”. Pueden ser socios activos las instituciones fundadoras de CONACEF (Colegio de Químicos Farmacéuticos y Bioquímicos de Chile A.G. y Academia de Ciencias Farmacéuticas de Chile) y las sociedades científicas y universidades chilenas que, cumpliendo los requisitos, sean aceptadas en tal calidad por el Directorio. Pueden ser patrocinadores las personas jurídicas, que por sus aportes al progreso de la ciencia farmacéutica o su práctica, o por circunstancias de especial significación para el desenvolvimiento de la Corporación y sus fines, sean honrados con tal designación por la Asamblea General.
En la actualidad CONACEF está compuesto sólo por socios activos, los cuales firmaron el acta de constitución de la Corporación en 2003. Cada institución asociada aporta con dos apoderados a la asamblea general. De este modo, CONACEF se compone actualmente de las siguientes instituciones:
- Colegio de Químicos-Farmacéuticos de Chile A.G.
Apoderados 2018-2021: Alejandra Araya Alar, Claudio Paulos Arenas.
- Academia de Ciencias Farmacéuticas de Chile
Apoderados 2018-2021: Inés Ruiz Álvarez, Marcelo Santibáñez Martínez y Carmen Sandoval Moraga.
- Sociedad Chilena de Laboratorio Clínico y Forense
Apoderados 2018-2021: Carolina Salas Palma y María Eugenia Miller Aguilera
- Sociedad Chilena de Farmacia Asistencial
Apoderados 2016-2018: Rodrigo Orellana Bravo y Elizabeth Romero Martínez
- Universidad de Chile
Apoderados 2016-2018: Marcela Jirón Aliste y Elena María Vega
- Universidad de Concepción
Apoderados 2016-2018: Felipe Morales León y Pola Fernández Rocca
- Universidad de Valparaíso
Apoderados 2016-2018: Georgina Sánchez Parra y Patricia Acuña Johnson
- Universidad Austral de Chile
Apoderados 2016-2018: Guido Ruiz Barría y Karin Jürgens Schneeberger